מחלקה מוסלמית
- אחראית על טיפול בעדות המוסלמיות (כולל בדואים וצ'רקסים).
- המחלקה מטפלת במתן שירותים דתיים למוסלמים במדינה.
- העסקת אנשי דת עובדי מדינה במתן שירותי דת במסגדים.
- תמיכה בשיפוץ ובניית מסגדים ושמירת מקומות קדושים מוסלמים.
- תמיכה בפיתוח והקמת בתי עלמין לאוכלוסיה המוסלמית.
- תמיכה בוועדי הנאמנים המוסלמים בערים המעורבות.
- קיום פעילות חברתית בקרב האוכלוסיה המוסלמית ופעילות הסברה למניעת אלימות.
- סיוע במילוי מצוות המחאג'.

מחלקה נוצרית
- אחראית לטיפול בכל העדות הנוצריות בארץ.
- טיפול במתן אשרות כניסה ושהייה לאנשי דת נוצריים לארץ.
- תיאום בין העדות הנוצריות השונות ושמירה על חופש הפולחן ושמירת הסטטוס קוו.
- מתן הקלות לראשי הכנסיות ואנשי דת בכירים במעברים ובשדה התעופה.
- תמיכה בפיתוח המקומות הקדושים הנוצריים.
- חיזוק הקשרים בין העדות הנוצריות לבין העדות האחרות ופעילות למען סובלנות.
- תמיכה בהקמה ופיתוח בתי עלמין נוצריים.

 המחלקה לעדות: דרוזים, שומרונים, אחמדים, בהאים
- אחראית על הטיפול בעדות האחרות הלא משתייכות לעדה המוסלמית או העדות הנוצריות בתחום שירותי הדת.
- סיוע בבנייה ופיתוח מקומות קדושים לכל העדות.
- סיוע בהקמת ופיתוח בתי עלמין.
- תמיכה וסיוע למועצה הדתית הדרוזית
- טיפול במתן אשרות כניסה/שהייה לאנשי דת מכל העדות לארץ.
- הקלות על ראשי העדות וסיוע במעברי הגבול ובשדה התעופה.
- ייצוג הולם לראשי העדות באירועים ממלכתיים.