יחידת המשנה למנהל הכללי הוקמה ביולי 2010 במטרה לשפר ולייעל את תהליכי העבודה של המשרד, באמצעות הכוונה להשגת המטרות והיעדים על פי תכנית העבודה השנתית והרב-שנתית, ותוך קידום שיתוף פעולה הדדי בין יחידות המטה ובינן לבין המחוזות.
היחידה, שהינה מסגרת ארגונית חדשה במשרד הפנים, החלה את פעילותה בינואר 2011 לאחר קליטת עובדים ליחידה ,הכשרתם וגיבוש נהלי עבודה .

במסגרת תפיסה ניהולית זו, מקדמת יחידת המשנה למנכ"ל רעיונות לביצוע שינויים ורפורמות בתחומי הפעילות המרכזיים של המשרד, כדי לאפשר התמודדות מערכתית  יעילה ומתואמת עם קשיים, כשלים וחולשות שפוגעים ביכולת המשרד לבצע את המשימות ולעמוד ביעדים. כל זאת, בין השאר באמצעות העצמת המשאב האנושי, שיפור מתמיד של מנגנוני הבקרה, השקיפות הציבורית, התיאום וקשרי העבודה בין יחידות המשרד ובינן למשרדי ממשלה וגופים ממלכתיים אחרים.

בהתאם להגדרת התפקיד, משמש המשנה למנכ"ל, ממלא מקום המנכ"ל בהעדרו.